|
DFG - SPP 1356, Teilprojekt: E-Pluri-Net: Machine learning and Evolutionary Comparison of Pluripotency Players and Networks
|
|
|
|
|
|
PROJEKT: "E-Pluri-Net: Machine Learning and Evolutionary Comparison of Pluripotency Players and Networks" ist ein in-silico Projekt im DFG Schwerpunktprogramm "Pluripotency and Cellular Reprogramming". Erkenntnisse zu den wichtigsten Pluripotenz-Genen und zu ihren Beziehungen untereinander als Teil eines großen Netzwerks von Interaktion, Regulation (und Stoffwechsel) sollen mittels computergestützter Analyse von Daten des Genoms, des Transkriptoms (und, langfristig, des Proteoms) aus vielen Spezies gewonnen werden.
|
|
Eine elektronische Darstellung des Wissens über Pluripotenz erlaubt es, Daten im funktionalen Zusammenhang zu betrachten, z.B. Biomarker zu lernen, Experimente zu planen und die speziesspezifische Evolution von Netzwerkkomponenten zu erkennen. Support-Vector-Maschinen und Bayes'sche Methoden sollen angepasst und erweitert werden, um Biomarker und Netzwerke mittels (semi-)überwachten Methoden zu lernen, z.B. basierend auf Microarraydaten. Semi-überwachtes Lernen ermöglicht maximale Ausbeutung der Daten falls vorgegebene Klassifikationen rar sind. Zum optimalen Lernen entwickeln wir zudem ein Verfahren, das wir als bi-classification bezeichnen, zum simultanen Lernen aus Genen und Zelllinien. Die Aufklärung der Evolution regulatorischer Regionen von Pluripotenz-Genen und von Netzwerken wird dazu beitragen, die strukturelle Basis der Pluripotenz zu verstehen. Zusätzliche Dienstleistungen für das SPP umfassen genomische Homologiesuche, phylogeniebasierte Proteinfunktionsvorhersagen und Hilfe bei Programmier-, bzw. Scriptingaufgaben.
Projektträger: Deutsche Forschungsgemeinschaft, Bonn
Funding: 153.250 € , Time frame: 2009 - 2011
Funding: 140.350 € , Time frame: 2011 - 2014
homepage: http://www.spp1356.de/project-area-c/fuellen/
Kontakt:
Prof. Dr. Georg Fuellen
Director, Institute for Biostatistics and Informatics in Medicine and Ageing Research -- IBIMA (formerly IMIB -- Institute for Medical Informatics and Biometry) University of Rostock, Medical Faculty Ernst-Heydemann-Str. 8
18057 Rostock, Germany
Phone + 49 381 494-7360
Fax + 49 381 494-7203
http://www.ibima.med.uni-rostock.de/
fuellen [at] alum.mit.edu
|
 Dieser Inhalt ist auch in englischer Sprache verfügbar.
|
|
|
Öffentlich finanzierte Forschungsprojekte 
für Projekte
uni-rostock.de
