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In der Arbeitsgruppe sind Wissenschaftler tätig, die einerseits spezialisiert sind, faunistische Analysen durchzuführen, um so die Struktur von Ökosystemen zu studieren, aber auch solche, die mehr die Funktion und die Stoffkreisläufe des Ökosystems analysieren. Ein wesentlicher Teil der Forschung wird standortgebunden in der Ostsee durchgeführt, insbesondere Diplom- und Doktorarbeiten.
Hierzu steht die Feldstation Boiensdorf am Salzhaff zur Verfügung. Gleichzeitig werden jedoch auch überregionale Forschungsaktivitäten in der Tiefsee (Indik und Atlantik) verfolgt. Ein wesentliches übergreifendes Thema ist, wie der Stoffaustausch zwischen Wasser und Sediment durch Tiere modifiziert wird. Dieses Arbeitsgebiet ist von Bedeutung für Ökosystemmodelle, hat aber auch sehr angewandte Aspekte, z.B. bei Umweltproblemen wie der Verklappung von Baggergut, beim Dredgen und bei der Renaturierung geschädigter Küstengewässer.
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